UU 39 Tahun 2009 tentang Kawasan Ekonomi Khusus: Isi Pokok dan Perubahan Cipta Kerja

UU No. 39 Tahun 2009 tentang Kawasan Ekonomi Khusus adalah undang-undang induk yang menjadi dasar seluruh sistem KEK di Indonesia — dari Dewan Nasional hingga pelaku usaha di dalam zona, dari fasilitas fiskal hingga mekanisme pencabutan status. Setiap peraturan KEK yang berlaku saat ini, termasuk PP 40/2021 sebagai aturan penyelenggaraan utama dan kedua PP penetapan zona Bali (PP 41/2022 untuk KEK Sanur, PP 23/2023 untuk KEK Kura Kura), bersumber dari kewenangan yang diberikan oleh undang-undang ini. Memahami UU 39/2009 — termasuk rantai perubahannya melalui Cipta Kerja — berarti memahami arsitektur hukum di balik seluruh insentif, perizinan, dan risiko yang relevan bagi investor di Bali.

Apa Itu UU 39/2009 dan Apa yang Diaturnya?

UU 39 Tahun 2009 ditetapkan pada 14 Oktober 2009 dan mulai berlaku sejak tanggal itu. Teks resminya tersedia di peraturan.bpk.go.id.

Undang-undang ini melakukan empat hal secara bersamaan. Pertama, mendefinisikan kawasan ekonomi khusus sebagai kawasan dengan batas-batas geografis tertentu dalam wilayah Indonesia untuk menyelenggarakan fungsi perekonomian dan fasilitas tertentu. Kedua, menciptakan kelembagaan berjenjang: Dewan Nasional KEK di tingkat nasional, Dewan Kawasan di tingkat provinsi, Administrator KEK sebagai pelaksana satu atap, dan Badan Usaha Pembangun dan Pengelola (BUPP) selaku pengembang-pengelola zona. Ketiga, mengamanatkan pemberian fasilitas fiskal dan non-fiskal bagi badan usaha dan pelaku usaha di dalam KEK. Keempat, menetapkan kewajiban dan mekanisme evaluasi termasuk kemungkinan pencabutan status zona.

Enam jenis kegiatan yang boleh diselenggarakan dalam KEK menurut UU ini: pengolahan ekspor, logistik, industri, pengembangan teknologi, pariwisata, dan energi. Setiap PP penetapan zona menentukan kategori mana yang berlaku. KEK Kura Kura Bali (PP 23/2023) memilih pariwisata dan industri kreatif; KEK Sanur (PP 41/2022) memilih kesehatan dan pariwisata. Ini bukan sekadar label — kategori tersebut menentukan KBLI mana yang mendapat akses penuh ke insentif utama.

Struktur Kelembagaan: Dari Dewan Nasional ke Pelaku Usaha

UU 39/2009 merancang sistem empat lapis yang cukup rapi di atas kertas. Bagaimana masing-masing lapisan bekerja dalam praktik patut dipahami secara terpisah.

Dewan Nasional KEK

Dewan Nasional KEK diketuai oleh Menteri Koordinator Bidang Perekonomian dan beranggotakan menteri-menteri sektoral terkait. Fungsinya meliputi: menyetujui usulan pembentukan zona baru, menetapkan rencana umum nasional KEK, memantau dan mengevaluasi kinerja zona, serta merekomendasikan pencabutan status KEK kepada Presiden bila zona gagal memenuhi kewajibannya. Dewan Nasional yang menyetujui KEK Sanur pada 22 Juli 2022 sebelum PP 41/2022 diterbitkan, dan merekomendasikan KEK Kura Kura yang kemudian ditetapkan lewat PP 23/2023 pada 5 April 2023.

Kewenangan evaluasi dan pencabutan bukan formalitas. PP 40/2021 menyediakan mekanisme konkret, dan beberapa zona secara nasional telah masuk daftar pengawasan. Investor yang memodelkan risiko jangka panjang di Bali perlu memperhatikan bahwa kinerja BUPP terhadap target investasi dan ketenagakerjaan bisa memengaruhi status zona.

Dewan Kawasan

Dewan Kawasan berkedudukan di tingkat provinsi dan diketuai oleh gubernur. Tugasnya terutama koordinasi pembangunan KEK dengan pemerintah daerah: memastikan ketersediaan infrastruktur penunjang, menyelesaikan hambatan perizinan daerah, dan mengawasi kinerja Administrator KEK di wilayahnya. Untuk dua zona Bali, Dewan Kawasan Provinsi Bali adalah mitra penghubung antara kepentingan daerah dan mandat nasional.

Administrator KEK

Administrator KEK adalah jantung operasional sistem dari sudut pandang pelaku usaha. UU 39/2009 mengamanatkan bahwa Administrator menjalankan fungsi pelayanan terpadu satu pintu (PTSP) — semua perizinan yang dibutuhkan oleh pelaku usaha di dalam zona diproses oleh Administrator, mengintegrasikan output OSS-RBA dengan verifikasi zona. PP 40/2021 Pasal 32 menegaskan mandat ini secara eksplisit.

Dalam konteks Bali, Administrator KEK Sanur dan Administrator KEK Kura Kura masing-masing bertanggung jawab atas perizinan di zonanya. Ini berbeda dari sistem perizinan reguler di luar KEK, di mana investor harus berkoordinasi dengan banyak instansi secara terpisah.

BUPP — Badan Usaha Pembangun dan Pengelola

BUPP adalah entitas yang membangun infrastruktur zona dan mengelolanya secara komersial. Untuk KEK Kura Kura Bali, BUPP yang ditetapkan adalah PT Bali Turtle Island Development (BTID). Untuk KEK Sanur, klaster kesehatan terhubung dengan PT Pertamina Bina Medika IHC; sisi hospitality dan estate terkait Hotel Indonesia Natour / InJourney Hospitality — meski struktur BUPP legal yang tepat di Sanur perlu dikonfirmasi langsung di kek.go.id sebelum dikutip dalam dokumen hukum.

BUPP bertanggung jawab kepada Dewan Nasional melalui laporan kinerja berkala. PP 23/2023 menetapkan kewajiban kesiapan operasional zona dalam 36 bulan sejak PP ditetapkan — artinya sekitar April 2026 untuk KEK Kura Kura. BTID selaku BUPP menanggung kewajiban ini secara hukum.

Pelaku Usaha

Pelaku usaha adalah badan usaha atau perseorangan yang menjalankan kegiatan di dalam KEK. Mereka bukan BUPP — mereka adalah tenant, operator klinik, pengembang properti, perusahaan teknologi, atau entitas lain yang masuk zona untuk memanfaatkan insentif dan infrastruktur. Perizinan pelaku usaha dilayani oleh Administrator, dan fasilitas fiskal berlaku per pelaku usaha setelah proses aplikasi yang diatur dalam PMK 237/PMK.010/2020 jo PMK 33/PMK.010/2021.

Fasilitas yang Dijamin UU 39/2009

UU 39/2009 mengamanatkan dua kategori fasilitas: fiskal dan non-fiskal. Detail angkanya ada di peraturan turunan, tapi otoritas pemberiannya bersumber dari undang-undang ini.

Fasilitas Fiskal

Fasilitas fiskal di KEK didetailkan dalam PMK 237/PMK.010/2020 jo PMK 33/PMK.010/2021 untuk pajak, dan PP 40/2021 Pasal 83 untuk kerangka umumnya. Tabel berikut merangkum paket utama:

Paket Fasilitas Fiskal KEK — Ringkasan Berdasarkan PP 40/2021 dan PMK 237/2020 jo 33/2021

Jenis Fasilitas	Ketentuan Pokok	Catatan Penting
Tax Holiday PPh Badan (kegiatan utama)	100% reduksi selama 10 tahun (investasi IDR 100–<500 M), 15 tahun (IDR 500 M–<1 T), atau 20 tahun (≥ IDR 1 T), dilanjutkan 50% reduksi 2 tahun	Minimum investasi IDR 100 miliar; harus diajukan sebelum mulai beroperasi komersial
Tax Allowance (alternatif)	Pengurangan 30% dari nilai investasi, 5%/tahun selama 6 tahun; penyusutan dipercepat; PPh dividen ke luar negeri 10%; kompensasi rugi 10 tahun	Untuk kegiatan non-utama, investasi < IDR 100 M, atau yang memilih skema ini
PPN dan PPnBM	Tidak dipungut atas impor ke KEK, penyerahan dari DPIL ke KEK, dan atas jasa/harta tak berwujud ke KEK	Meliputi barang modal, mesin, bahan baku, tanah/bangunan dalam zona
Bea Masuk dan PDRI	Dibebaskan atau ditangguhkan; PPh Pasal 22 impor tidak dipungut; cukai dibebaskan/ditangguhkan	Kewajiban bea masuk timbul kembali jika barang keluar ke pasar domestik
Pajak Daerah	PP 40/2021 Pasal 100: pemerintah daerah wajib memberikan pengurangan 50–100% pajak/retribusi daerah termasuk BPHTB dan PBB via Perda	Realisasi bergantung pada penerbitan Perda oleh Pemprov/Pemkot Bali

Satu catatan yang sering terlewat: fasilitas ini tidak otomatis berlaku begitu investor masuk zona. Setiap pelaku usaha harus mengajukan permohonan fasilitas melalui OSS, dan permohonan itu harus diajukan sebelum kegiatan komersial dimulai. Melewatkan urutan ini bisa berakibat kehilangan sebagian atau seluruh periode insentif.

Fasilitas Non-Fiskal

Kategori non-fiskal mencakup kemudahan yang tidak berbentuk pengurangan pajak langsung:

• Perizinan terpadu satu pintu melalui Administrator KEK, mengintegrasikan OSS-RBA (PP 5/2021) dengan persetujuan zona.
• Hak atas tanah: HGB dengan siklus 30+20+30 tahun (total hingga 80 tahun) berdasarkan PP 18/2021. Perlu dicatat: skema “pemberian 80 tahun sekaligus” berlaku di IKN, bukan di KEK — di KEK tetap berjalan per siklus.
• Kemudahan ketenagakerjaan asing: RPTKA di KEK diproses sebagai program strategis nasional. Investor asing dapat menjabat sebagai direksi/komisaris PT PMA sesuai ketentuan yang berlaku.
• Kemudahan imigrasi: layanan prioritas melalui Administrator KEK; instrumen standar yang berlaku adalah KITAS investor, KITAS tenaga kerja via RPTKA, dan Visa Rumah Kedua (Permenkumham 22/2022, masa tinggal 5 atau 10 tahun) yang bersifat nasional — bukan insentif eksklusif KEK.
• Tidak ada Daftar Negatif Investasi di dalam KEK: sektor yang tertutup bagi asing di luar KEK dapat dibuka di dalam KEK, tunduk pada persetujuan Administrator dan verifikasi KBLI.
• Regulasi kawasan sebagai pengganti IMB/PBG: untuk bangunan di dalam masterplan yang telah disetujui BUPP, regulasi kavling bisa menggantikan pengurusan izin bangunan per unit — mengurangi beban administratif bagi tenant.

Rantai Perubahan: Cipta Kerja hingga UU 6/2023

UU 39/2009 telah diubah tiga kali melalui apa yang dikenal sebagai rantai Cipta Kerja. Ini bukan sekadar formalitas legislatif — setiap tahap membawa perubahan substantif yang memengaruhi cara investor masuk dan beroperasi di KEK.

UU No. 11 Tahun 2020 — Cipta Kerja (Omnibus Law)

Disahkan 5 November 2020. Mengubah puluhan undang-undang sektoral termasuk UU 39/2009. Perubahan utama untuk KEK: prosedur pembentukan zona disederhanakan; kerangka perizinan OSS-RBA diperkenalkan sebagai pintu masuk tunggal; modal disetor minimum PT PMA dikurangi (IDR 10 miliar per KBLI 5-digit tidak termasuk tanah dan bangunan, turun dari IDR 10 miliar praktis yang lebih tinggi sebelumnya); mandat Administrator KEK PTSP diperkuat secara eksplisit. Sayangnya, pada November 2021 Mahkamah Konstitusi memutuskan UU ini inkonstitusional secara formil — prosedur legislasinya cacat, meski substansinya tidak dibatalkan.

Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang No. 2 Tahun 2022 — Perppu Cipta Kerja

Diterbitkan 30 Desember 2022 untuk mengatasi cacat formil putusan MK. Mengesahkan kembali ketentuan substantif yang sama. Semua peraturan pelaksana yang telah berlaku — termasuk PP 40/2021 — tetap sah dan berlaku. Ini penting: PP 40/2021 terbit berdasarkan UU 11/2020, namun validitasnya dipertahankan melalui Perppu ini.

UU No. 6 Tahun 2023 — Penetapan Perppu 2/2022 menjadi Undang-Undang

DPR meratifikasi Perppu pada 31 Maret 2023, mengubahnya menjadi undang-undang permanen. UU 6/2023 adalah teks yang berlaku saat ini. Referensi pada dokumen perizinan dan aplikasi fasilitas pasca-2023 yang menyebut “UU Cipta Kerja” mengacu pada undang-undang ini. Panduan agensi yang hanya menyebut “UU 11/2020” menggunakan referensi yang sudah tidak berlaku.

Empat perubahan substantif yang paling relevan bagi investor KEK dari rantai Cipta Kerja:

1. OSS-RBA (PP 5/2021) menjadi pintu masuk perizinan tunggal, menggantikan koordinasi lintas kementerian yang terpisah.
2. Modal disetor minimum PT PMA turun secara efektif; plan investasi IDR 10 miliar per KBLI tetap menjadi patokan praktis.
3. Prinsip “tidak ada Daftar Negatif Investasi” di dalam KEK diperkuat — sektor yang tertutup di luar zona bisa dibuka di dalam zona.
4. Prosedur penetapan zona baru lebih cepat, yang antara lain memperlancar proses penetapan KEK Kura Kura (PP 23/2023) setelah KEK Sanur (PP 41/2022).

PP 40/2021: Penyelenggaraan KEK

Jika UU 39/2009 adalah konstitusi sistem KEK, maka PP No. 40 Tahun 2021 adalah undang-undang organiknya — dokumen yang mengoperasionalkan setiap kewenangan yang diamanatkan UU. PP ini mengatur lebih dari 100 pasal, mulai dari prosedur pengusulan hingga evaluasi kinerja dan pencabutan status.

Tiga pasal yang paling sering ditemui investor dalam praktik:

• Pasal 32 — mewajibkan Administrator KEK berfungsi sebagai titik tunggal untuk semua perizinan pelaku usaha, mengintegrasikan output OSS-RBA dengan persetujuan tingkat zona.
• Pasal 83 — dasar kewenangan fasilitas fiskal di dalam KEK: PPN tidak dipungut, pembebasan bea masuk, dan pengurangan pajak daerah. PMK 237/2020 jo 33/2021 mengdetailkan mekanisme aplikasinya.
• Pasal 100 — kewajiban pemerintah daerah menerbitkan Perda yang memberikan pengurangan 50–100% pada pajak dan retribusi daerah di dalam zona, termasuk BPHTB dan PBB.

PP 40/2021 juga memperkenalkan kerangka evaluasi berkala yang memberi Dewan Nasional kewenangan untuk menandai zona bermasalah dan, dalam kasus serius, merekomendasikan pencabutan status kepada Presiden. Ini bukan mekanisme yang berdiri di atas kertas saja — beberapa zona secara nasional telah masuk pengawasan khusus atas dasar aturan ini. Investor yang melakukan due diligence serius perlu memahami bahwa status KEK tidak permanen bila BUPP gagal memenuhi kewajibannya.

Keterkaitan dengan Peraturan Bali: PP 41/2022 dan PP 23/2023

Kedua zona di Bali lahir dari alur yang sama: usulan, persetujuan Dewan Nasional, penetapan PP, penunjukan BUPP, lalu kewajiban operasional dalam batas waktu tertentu.

KEK Sanur ditetapkan melalui PP 41/2022 pada 1 November 2022. Luas 41,26 ha di Denpasar Selatan. Sektor: kesehatan dan pariwisata. Teks lengkap tersedia di peraturan.bpk.go.id/Details/230500.

KEK Kura Kura Bali ditetapkan melalui PP 23/2023 pada 5 April 2023. Luas tepat 498 ha di Pulau Serangan, Denpasar Selatan. Sektor: pariwisata dan industri kreatif. BUPP: PT Bali Turtle Island Development (BTID). Kewajiban kesiapan operasional: 36 bulan sejak penetapan (sekitar April 2026). Teks lengkap: peraturan.bpk.go.id/Details/246940.

Untuk analisis mendalam masing-masing zona dan perbandingan investor, baca halaman peta regulasi KEK lengkap kami yang mencakup perbandingan KEK vs kawasan industri, kawasan berikat, dan FTZ.

Satu Catatan untuk Investor Besar: PMK 136/2024 dan Pajak Minimum Global

Berlaku sejak 9 Oktober 2024, PMK 136/2024 menerapkan Qualified Domestic Minimum Top-up Tax (QDMTT) sesuai kerangka Pillar Two OECD. Kelompok usaha multinasional dengan pendapatan konsolidasi global di atas EUR 750 juta dikenakan tarif pajak efektif minimum 15%. Bagi MNE yang masuk threshold ini dan sudah memegang posisi tax holiday KEK, mekanisme QDMTT dapat memulihkan sebagian atau seluruh manfaat holiday melalui domestic top-up tax. Indonesia juga memperkenalkan Qualified Refundable Tax Credit (QRTC) sebagai alternatif yang kompatibel dengan GMT.

Aturan KEK di bawah PMK 237/2020 jo 33/2021 tetap berlaku secara formal. Implikasi Pillar Two bersifat struktural dan hanya menyentuh MNE di atas ambang pendapatan tersebut — bukan investor skala menengah atau kelompok usaha domestik. Investor yang masuk threshold ini perlu memodelkan effective tax rate bersih dari QDMTT, bukan hanya mengasumsikan holiday langsung berarti tarif efektif nol.

Pertanyaan yang Sering Diajukan

Apa isi pokok UU 39 Tahun 2009 tentang Kawasan Ekonomi Khusus?

UU 39/2009 menetapkan definisi KEK, menciptakan kelembagaan empat lapis (Dewan Nasional, Dewan Kawasan, Administrator KEK, dan BUPP), mengamanatkan fasilitas fiskal dan non-fiskal bagi pelaku usaha di dalam zona, menetapkan enam kategori kegiatan yang diizinkan (ekspor, logistik, industri, teknologi, pariwisata, energi), dan memberikan kewenangan kepada pemerintah untuk menetapkan zona baru melalui Peraturan Pemerintah. Undang-undang ini adalah sumber hukum dari seluruh sistem KEK yang berlaku saat ini.

Apa yang berubah setelah Cipta Kerja untuk KEK?

Rantai Cipta Kerja — UU 11/2020, dikoreksi oleh Perppu 2/2022, dan disahkan permanen melalui UU 6/2023 — membawa empat perubahan utama untuk KEK: OSS-RBA menjadi pintu perizinan tunggal; modal disetor minimum PT PMA dikurangi; prinsip tidak ada Daftar Negatif Investasi di dalam KEK diperkuat; dan prosedur penetapan zona baru disederhanakan. UU 6/2023 adalah referensi terkini yang wajib digunakan dalam dokumen hukum dan aplikasi perizinan.

Apa perbedaan BUPP dan pelaku usaha dalam sistem KEK?

BUPP (Badan Usaha Pembangun dan Pengelola) adalah entitas yang membangun dan mengelola infrastruktur zona — di KEK Kura Kura adalah BTID, di KEK Sanur terkait IHC/InJourney. BUPP bertanggung jawab kepada Dewan Nasional atas kinerja zona. Pelaku usaha adalah tenant atau operator yang menjalankan kegiatan bisnis di dalam zona dan memanfaatkan insentif. Pelaku usaha mengurus perizinan melalui Administrator KEK, bukan langsung ke BUPP.

Apakah fasilitas KEK otomatis berlaku begitu investor masuk zona?

Tidak. Fasilitas fiskal — tax holiday, pembebasan PPN, pembebasan bea masuk — harus diajukan secara aktif oleh pelaku usaha melalui OSS sebelum kegiatan komersial dimulai. Fasilitas kepabeanan juga memerlukan registrasi dan sistem IT inventori tersendiri. Investor yang memulai operasi komersial sebelum permohonan fasilitas disetujui berisiko kehilangan sebagian atau seluruh periode insentif. PP 40/2021 dan PMK 237/2020 jo 33/2021 mengatur prosedur dan persyaratannya.

Bisakah status KEK dicabut, dan apa dampaknya bagi investor?

Ya. PP 40/2021 menyediakan mekanisme evaluasi berkala oleh Dewan Nasional KEK. Jika zona berulang kali gagal memenuhi kewajiban kinerja — target investasi, ketenagakerjaan, dan kesiapan infrastruktur — Dewan Nasional dapat merekomendasikan pencabutan status kepada Presiden. Beberapa zona secara nasional telah masuk pengawasan. Pencabutan status zona secara teoritis memengaruhi kelanjutan fasilitas bagi pelaku usaha di dalamnya. Untuk dua zona Bali, KEK Sanur lebih jauh realisasinya dibanding KEK Kura Kura dalam persentase terhadap target; keduanya berada dalam siklus evaluasi normal Dewan Nasional.